Bioinformatics
Bio-informatique

La plateforme bioinformatique assure un service support des plateformes PUMA mais aussi des équipes de recherche pour concevoir, développer et mettre en place des applications et solutions informatiques de gestion des données de recherche.

La plateforme est chargée du traitement et de l’analyse des données issues des PUMA : gestion des installations de génotypage, analyse PCR et RNA-Seq, gestion des ressources et gestion et stockage des données sur serveur.

Forte de 20 ans d’expertise en bioinformatique, en administration de bases de données et en programmation, la plateforme offre aujourd’hui plusieurs services :

Gestion et analyse des données transcriptomiques

• PCR quantitative et numérique en gouttelettes, et puces à ADN avec l’application web GEASE : suivi des échantillons et cartographie des plaques, validation des amorces, identification des gènes de référence, normalisation, quantification, analyse de l’expression différentielle
• Analyse RNA-Seq (offerte avec la prestation NGS) : cartographie, annotation, analyse de l’expression différentielle, enrichissement des données (ontologie, voies métaboliques, PCA, carte thermique), analyse statistique

Logiciel de gestion des lignées et du génotypage (ANISE) :
ANISE est une dématérialisation complète de la gestion d’une animalerie.

• Suivi et gestion des lignées sauvages et transgéniques, et croisements.
• Suivi du génotypage.
• Suivi et validation des demandes.
• Comptage automatique des saisines éthiques.
• Inventaire et suivi des anesthésiques.