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SUMMARY:Synapse and Network Day 2025
DESCRIPTION:The 22nd edition of the Synapse and Network Day will take place at the Centre Broca on Friday 19 September from 9:30. \nRegistrations for lunch are closed. \nPlease note that Shujia Zhu’s talk has been moved to Thursday 18 September at 2pm (venue: CARF) \nGuest\n\nPhilippe Isope (INCI\, université de Strasbourg)\nHow synaptic connectivity maps encode internal models in the cerebellar cortex?\n\nProgram\n9:30-10:30 – Philippe Isope (INCI\, Université de Strasbourg)\nHow synaptic connectivity maps encode internal models in the cerebellar cortex? \n10:30-10:50 – Silvia Sposini (IINS)\nImaging the dynamics of neuromodulator receptor endocytosis \n10:50-11:10 – Juan Garcia Ruiz (Neurocentre Magendie)\nThe role of glucose and lactate to sustain basal synaptic transmission and excitability \n11:10-11:30 – Break \n11:30-12:00 – Romuald Nargeot (INCIA)\nOrganelle calcium-derived voltage oscillations in a decisional network contribute to memory of a compulsive-like behavior in Aplysia \n12:00-12:20 – Simon Lecomte (IINS)\nImpact of FMRP deletion on presynaptic mechanisms at mf-CA3 synapse. \n12:20-12:40 – Carmen Guerrero-Marquez (IMN)\nCortical Contributions to Basal Ganglia-Thalamocortical Loop Dynamics in the Zebra Finch Song System \n12:40-14:20 – Lunch break \n14:20-14:50 – Sandrine Pouvreau (Neurocentre Magendie)\nMitochondrial-cytosolic calcium crosstalk in astrocytes: how do CB1 receptors shape the dialogue? \n14:50-15:10 – Legeolas Velez (IINS)\nExcitatory synaptic plasticity onto inhibitory interneurons during learning. \n15:10-15:40 – Julien Courtin  (Neurocentre Magendie)\nMemory transfer within amygdala circuits \n15:40-16:00 – Break \n16:00-16:20 – Jakob Scharnholz (IMN)\nIs there a link between protein aggregation and dopamine physiology failure in the context of Parkinson disease? \n16:20-16:40 – Brice de La Crompe (INCIA)\nUsing open-resources to explore the role of the premotor cortex in flexible behaviour. \n16:40-17:10 – Julien Dupuis (IINS)\nKetamine alleviates NMDA receptor hypofunction through synaptic trapping \n17:10 – Concluding remarks \nOrganizing committee\n\nElena Avignone (Neurocentre Magendie)\nMario Carta (IINS)\nFrédéric Lanore (IINS)\nMuriel Thoby Brisson (INCIA)\n\n
URL:https://www.bordeaux-neurocampus.fr/event/network-and-synapse-day-2025/
CATEGORIES:IINS,INCIA,Magendie,Pour les scientifiques,Symposiums
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SUMMARY:Seminars - Christophe Zimmer and Thomas Walter
DESCRIPTION:CARF Building Amphitheater \nIn the context of Christer Lohk’s PhD defense \n\n9:30 AM – Christophe Zimmer\nRudolf Virchow Zentrum\, Würzburg\, Germany\nAI for Microbiology and Epidemiology \n10:30 AM – Thomas Walter\nInstitut Curie\, Paris\, France\nComputer Vision for Spatial Transcriptomics \nSpatial Transcriptomics (ST) is a technique that maps gene expression to specific locations within a tissue\, thereby combining spatial information with transcriptomic data. ST enables the study of the spatial organization of cell types and cellular states\, and how these relate to tissue structure and function. ST poses several computational challenges\, including image segmentation\, single-cell deconvolution\, and cross-modality prediction\, where the goal is to infer transcriptomic profiles from morphological phenotypes. \nIn this lecture\, Dr. Walter will present recent developments in these areas. He will discuss methods for predicting molecular signatures from histology images\, as well as work on cell segmentation from image-based spatial transcriptomics data. Finally\, he will introduce an approach for predicting single-cell gene expression from morphological phenotypes\, leveraging paired Hematoxylin & Eosin (H&E) and spatial transcriptomics data. \n
URL:https://www.bordeaux-neurocampus.fr/event/seminars-christophe-zimmer-and-thomas-walter/
CATEGORIES:A la une,Pour les scientifiques,Séminaire Impromptu
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SUMMARY:Soutenance de thèse - Ænora Letourneur
DESCRIPTION:Lieu : CARF \nSur zoom : https://u-bordeaux-fr.zoom.us/j/83810704899 \nThèse défendue en français \n \n\nÆnora Letourneur \nÉquipe : Neuropathologie intégrative des α-Synucleinopathies (De Giorgi / Ichas)\nIMN \nTitre\nLa chaperonne DNAJB6 comme régulateur de l’agrégation de l’alpha-synucléine dans des modèles neuronaux de synucléinopathie induite \nAbstract\nLa protéine α-synucléine (α-syn) s’auto-assemble en fibrilles amyloïdes qui sont retrouvées dans les inclusions neuronales ou gliales des synucléinopathies. Des études in vitro ont pu caractériser les mécanismes d’agrégation de la protéine\, mais les processus que la cellule met en place afin de moduler cette agrégation sont en cours d’étude. Nous avons choisi de travailler dans des modèles neuronaux de synucléinopathie induite\, en cultures primaires ou en cerveau de souris adultes. \nNotre étude s’est tout d’abord intéressée à un panel de chaperonnes moléculaires\, acteurs impliqués dans cette régulation\, avant de se concentrer en particulier sur DNAJB6. En effet\, nous avons observé\, chez cette protéine\, une relocalisation spécifique de DNAJB6 sous forme de punctae\, en périphérie des agrégats néo-formés. Cette observation\, combinée aux études montrant son affinité pour les structures amyloïde et sa capacité à inhiber leur agrégation\, nous a fait émettre l’hypothèse que DNAJB6 avait un rôle fonctionnel de régulation de la synucléinopathie induite. \nEffectivement\, les études fonctionnelles nous ont permis d’observer une inhibition de l’agrégation de l’α-syn quand DNAJB6 est surexprimée\, à la fois en culture primaire et en cerveau de souris adultes. Nous avons déduit que cet effet était lié à une interaction sélective de DNAJB6 avec l’α-syn fibrillaire\, et non monomérique. De plus\, nous avons pu montrer que cette inhibition de l’agrégation été due à une activité de DNAJB6 seule\, et non\, comme nous l’avions imaginé au départ\, due à son implication dans un système contenant Hsp110 et Hsc70\, dont elle est la co-chaperonne. En effet\, la forme mutée H31Q de DNAJB6\, ne pouvant pas interagir avec Hsc70\, a montré le même effet inhibiteur que la forme sauvage. Nous avons confirmé ce point en reconstituant in vitro le système et en observant que\, contrairement à DNAJB1\, DNAJB6 ne permet pas d’activité désagrégase vis-à-vis des fibrilles d’α-syn. \nMots-clés\nalpha-synucléine ; synucléinopathie ; chaperonnes moléculaires ; DNAJB6 ; neurones \nPublication\nDe Giorgi\, F.\, Letourneur\, A.\, Kashyrina\, M.\, Zinghirino F.\, Dovero\, S.\, Dutheil\, N.\, Largitten L.\, Arotçarena\, M.\, Bezard\, E.\, Canron\, M.\, Meissner\, W.\, De Nuccio\, F.\, Ichas\, F.\, 2024. Reconsidering α-Synuclein inclusion pathology in neurons\, mice\, and humans with an antibody sensing NAC engagement during α-Synuclein amyloid conversion. (preprint)\nJury\nDr. Nocca Smet Caroline\, Université de Lille – Rapportrice\nDr. Genevaux Pierre\, Université Toulouse 3 – Rapporteur\nDr. Angot Elodie\, ROCHE – Examinatrice\nDr. Baron Thierry\, Anses Lyon – Examinateur\n
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CATEGORIES:IMN,Thèses
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SUMMARY:Soutenance de thèse - Christer Lohk
DESCRIPTION:Lieu : IBGC \n\nChrister Lohk\nEquipe : Imagerie quantitative de la cellule (Sibarita)\nIINS \nThèse dirigée par Jean-Baptiste Sibarita (IINS) & Macha Nikolski ( IBGC) \nTitre\nIntelligence artificielle pour la caractérisation de cultures cellulaires 3D acquises en imagerie de fluorescence à haut contenu \n(« Articificial intelligence for the characterization of 3D cultures in high content fluorescence microscopy ») \nRésumé\nCes dernières années\, les cultures cellulaires 3D sont devenues la référence en biologie cellulaire\, avec des applications allant de la recherche fondamentale au criblage à haut contenu de médicaments et à la médecine personnalisée. Parmi celles-ci\, les organoïdes présentent un avantage majeur par rapport aux cultures cellulaires bidimensionnelles traditionnelles\, en reproduisant fidèlement l’architecture et les fonctions cellulaires du tissu d’intérêt. Ainsi\, les cultures cellulaires 3D s’imposent désormais comme des modèles biologiques incontournables pour étudier les mécanismes pathologiques\, le développement normal des tissus\, et pour évaluer la réponse aux traitements médicamenteux. \nL’objectif principal de ce projet de thèse était le développement d’outils informatiques destinés à l’analyse d’images de cultures cellulaires 3D obtenues à partir d’une plateforme de criblage à haut contenu utilisant la microscopie à feuille de lumière développée dans notre laboratoire. Ce système d’acquisition repose sur des puces microfabriquées\, comportant des réseaux de micro-puits pyramidaux permettant à la fois la culture et l’imagerie tridimensionnelle d’organoïdes individuels. Grâce à cette approche\, des images d’une centaine d’organoïdes peuvent être acquises en parallèle en utilisant deux modalités complémentaires : i) la microscopie de fluorescence à feuille de lumière mono-objectif soSPIM (single-objective Selective Plane Illumination Microscopy)\, qui permet d’acquérir des piles d’images tridimensionnelles multicanaux\, et ii) la lumière transmise\, permettant une acquisition rapide et sans marquage\, d’images bidimensionnelles des échantillons. Associée à un algorithme intégré de détection des puits\, cette stratégie permet d’automatiser entièrement le processus d’acquisition sur de longues périodes. \nCette thèse présente un ensemble d’outils informatiques destinés au suivi et à la quantification des changements induits par les médicaments dans les cultures de sphéroïdes et d’organoïdes. Les méthodes développées comprennent i) un modèle de segmentation en temps réel basé sur l’apprentissage profond (deep learning) pour identifier rapidement les contours des organoïdes dans les images en lumière transmise\, ii) une approche utilisant un modèle fondamental (foundation model) pour la segmentation volumétrique des organoïdes dans les images de fluorescence tridimensionnelles\, et iii) un pipeline d’extraction de caractéristiques combinant des descripteurs traditionnels d’images avec des caractéristiques profondes issues de réseaux de transformeurs de vision (Vision Transformers\, ViTs) et d’autoencodeurs variationnels (Variational Autoencoders\, VAEs)\, afin de quantifier les diVérences morphologiques entre les diVérents points temporels et conditions expérimentales.\nCette stratégie d’extraction des caractéristiques vise à la fois à intégrer un filtrage automatisé des organoïdes dans le flux de travail d’acquisition\, et à fournir des outils robustes pour la caractérisation phénotypique des organoïdes en imagerie de fluorescence. Associées à notre dispositif d’imagerie basé sur le soSPIM\, ces méthodes établies constituent une base solide pour le développement futur de pipelines expérimentaux entièrement automatisés\, capables de prédire la réponse des cultures cellulaires 3D à divers traitements chimiques et biologiques. \nMots-clés\nculture cellulaire 3D\, traitement et analyse d’images\, microscopie de fluorescence\, apprentissage profond \nJury\n\nWALTER Thomas\, Directeur de recherche\, Institut Curie\, Examinateur\nZIMMER Christophe\, Professeur\, Rudolf Virchow Center\, University of Würzburg Rapporteur\nDESCOMBES Xavier\, Directeur de recherche\, INRIA Sophia Antipolis\, CNRS\, Rapporteur\nSIBARITA Jean-Baptiste\, Chargé de recherche\, Université de Bordeaux\, CNRS\, Directeur de Thèse\nNIKOLSKI Macha\, Directrice de recherche\, IBGC\, CNRS\, Université de Bordeaux\, Co-Directrice de Thèse\n\n
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CATEGORIES:Thèses
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