{"id":108063,"date":"2019-06-04T19:07:31","date_gmt":"2019-06-04T17:07:31","guid":{"rendered":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/?p=108063"},"modified":"2019-06-05T17:22:18","modified_gmt":"2019-06-05T15:22:18","slug":"just-published-vers-une-recherche-reproductible-faire-evoluer-ses-pratiques","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/just-published-vers-une-recherche-reproductible-faire-evoluer-ses-pratiques\/","title":{"rendered":"Just published: &#8220;Vers une recherche reproductible : Faire \u00e9voluer ses pratiques&#8221;"},"content":{"rendered":"<h1><em><strong>Sorry, it&#8217;s in french<\/strong><\/em><\/h1>\n<p><strong>Nicolas Rougier<\/strong>, de l&#8217;IMN, et d&#8217;autres chercheurs (Lo\u00efc Desquilbet, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot), viennent de publier un livre sur la recherche reproductible lors d\u2019un \u201cbook sprint\u201d qui a \u00e9t\u00e9 organis\u00e9 par l&#8217;<a href=\"http:\/\/weburfist.univ-bordeaux.fr\/\">Unit\u00e9 r\u00e9gionale de formation \u00e0 l&#8217;information scientifique et technique (Urfist) de Bordeaux<\/a> du 15 au 19 avril 2019.<\/p>\n<p>L&#8217;ouvrage<a href=\"https:\/\/rr-france.github.io\/bookrr\/\"><em>Vers une recherche reproductible : Faire \u00e9voluer ses pratiques<\/em> \u00a0<\/a>est disponible en acc\u00e8s libre<\/p>\n<p>Les auteurs, issus de diff\u00e9rents domaines disciplinaires, ont r\u00e9dig\u00e9 tous les contenus et con\u00e7u la table des mati\u00e8res <em>ex nihilo<\/em>. L&#8217;\u00e9quipe d&#8217;auteurs a \u00e9t\u00e9 constitu\u00e9e sp\u00e9cialement pour le <em>book sprint<\/em>.<\/p>\n<p>Le <em>book sprint<\/em> est un mode de r\u00e9daction collaboratif, pas seulement collectif. La notion de premier auteur n&#8217;existe pas.<\/p>\n<ul>\n<li>Lo\u00efc Desquilbet, professeur en biostatistique et en \u00e9pid\u00e9miologie clinique \u00e0 <a href=\"https:\/\/www.vet-alfort.fr\/\">l\u2019\u00e9cole nationale v\u00e9t\u00e9rinaire d\u2019Alfort<\/a><\/li>\n<li>Boris Hejblum, ma\u00eetre de conf\u00e9rence en biostatistique \u00e0 l\u2019<a href=\"http:\/\/www.isped.u-bordeaux.fr\/\">ISPED \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Bordeaux<\/a>, rattach\u00e9 \u00e0 <a href=\"https:\/\/www.inria.fr\/equipes\/sistm\">l\u2019\u00e9quipe SITSM dans le centre Inserm U1219 Bordeaux Population Health et Inria Bordeaux Sud-Ouest<\/a><\/li>\n<li>Arnaud Legrand, chercheur dans le domaine de l\u2019\u00e9valuation (simulation, observation, statistiques, analyse de traces) et l\u2019optimisation de performance de grandes infrastructures de calcul au<a href=\"https:\/\/www.liglab.fr\/\"> Laboratoire d\u2019informatique de Grenoble<\/a> (LIG), pilote de <a href=\"https:\/\/team.inria.fr\/polaris\/\">l\u2019\u00e9quipe Polaris (Inria),<\/a> co-pilote du <a href=\"https:\/\/www.fun-mooc.fr\/courses\/course-v1:inria+41016+session01bis\/about\">Mooc \u201cRecherche reproductible\u201d<\/a><\/li>\n<li>Pascal Pernot, physico-chimiste et directeur de recherches au CNRS au <a href=\"http:\/\/www.lcp.u-psud.fr\/\">Laboratoire de Chimie Physique \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 Paris-Sud<\/a><\/li>\n<li>Nicolas Rougier, chercheur en neurosciences computationnelles, membre de <a href=\"https:\/\/mnemosyne-proj.org\/\">l\u2019\u00e9quipe Mnemosyne project (Inria)<\/a>en association avec l\u2019<a href=\"https:\/\/www.imn-bordeaux.org\/\">Institut des maladies neurod\u00e9g\u00e9n\u00e9ratives<\/a>, le <a href=\"https:\/\/www.labri.fr\/\">Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique<\/a>, l\u2019Universit\u00e9 de Bordeaux et le CNRS.<\/li>\n<\/ul>\n<p><a href=\"https:\/\/rr-france.github.io\/bookrr\/portraits.html#auteurs\"><strong>En savoir plus sur les auteurs, d\u00e9couvrir les contributeurs<\/strong><\/a><\/p>\n<p>D\u00e9but de la r\u00e9daction : lundi apr\u00e8s-midi. Fin de la r\u00e9daction : jeudi soir. Travail post<em> book sprint<\/em> : r\u00e9visions mineures, harmonisation des textes par le <em>copy editor<\/em>.<\/p>\n<p>Facilitatrice : Elisa de Castro Guerra (<a href=\"https:\/\/www.flossmanualsfr.net\/\">FlossManuals Francophone<\/a>, ActivDesign)<\/p>\n<p>Coordinatrice du projet et <em>copy editor<\/em> : Sabrina Granger, conservateur des biblioth\u00e8ques \u00e0 l&#8217;<a href=\"http:\/\/weburfist.univ-bordeaux.fr\/\">Urfist de Bordeaux <\/a>et\u00a0co-pilote du coll\u00e8ge &#8220;Comp\u00e9tences et formations&#8221; du <a href=\"https:\/\/www.ouvrirlascience.fr\/\">Comit\u00e9 pour la science ouverte<\/a>.<\/p>\n<p>Le livre sera prochainement disponible \u00e9galement <em>via<\/em> l&#8217;archive ouverte HAL.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/weburfist.univ-bordeaux.fr\/le-book-sprint-challenge-3-jours-5-auteurs-pour-rediger-un-manuel-en-francais-sur-la-reproductibilite-de-la-recherche\/\"><strong>En savoir plus sur le projet<\/strong><\/a><\/p>\n<h2>Publics cibles de l&#8217;ouvrage<\/h2>\n<p>Ce livre s\u2019adresse \u00e0 tout acteur de la recherche scientifique (chercheur.euse, personnel de soutien \u00e0 la recherche) qui :<\/p>\n<ul>\n<li>se pose des questions sur la recherche reproductible ou<\/li>\n<li>souhaite am\u00e9liorer ses pratiques.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Plusieurs rubriques illustrent les probl\u00e9matiques concr\u00e8tes de la recherche reproductible.<\/p>\n<p>Chaque chapitre propose une gamme de solutions, allant de la plus facile \u00e0 mettre en \u0153uvre \u00e0 la plus technique.<\/p>\n<h2>R\u00e9sum\u00e9<\/h2>\n<p>Pour un chercheur, il n\u2019y a rien de plus frustrant que l\u2019impossibilit\u00e9 de reproduire des r\u00e9sultats majeurs obtenus quelques mois auparavant. Les causes de ce type de d\u00e9convenues sont multiples et parfois pernicieuses. Ce ph\u00e9nom\u00e8ne participe \u00e0 ce que certains identifient comme une \u201ccrise de la reproductibilit\u00e9 de la recherche\u201d.<\/p>\n<p>Cet ouvrage consid\u00e8re un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d\u2019illustrer et de mettre en \u00e9vidence les sympt\u00f4mes de la non-reproductibilit\u00e9 dans la recherche. \u00c0 chaque fois, il propose un \u00e9ventail de solutions allant de bonnes pratiques faciles et rapides \u00e0 impl\u00e9menter jusqu\u2019\u00e0 des outils plus techniques, tous gratuits et mis \u00e0 l\u2019\u00e9preuve par les auteurs eux-m\u00eames.<\/p>\n<p>Dans ce livre r\u00e9dig\u00e9 lors d\u2019un <em>book sprint<\/em>, \u00e9tudiants, ing\u00e9nieurs et chercheurs devraient trouver des moyens efficaces et \u00e0 leur port\u00e9e pour am\u00e9liorer leurs pratiques de la recherche reproductible.<\/p>\n<p>Mots cl\u00e9s : recherche reproductible ; transparence de la recherche ; science ouverte ; crise de la r\u00e9plication ; <em>open source<\/em> ; <em>open data<\/em> ; <em>data sharing<\/em> ; r\u00e9utilisation des donn\u00e9es ; standardisation ; <em>book sprint<\/em><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h2>Envie de contribuer?<\/h2>\n<p>En cr\u00e9ant une &#8220;issue&#8221; <em>via<\/em> GitHub ou en contactant l&#8217;Urfist par mail (<a href=\"mailto:urfist@u-bordeaux.fr\">urfist@u-bordeaux.fr<\/a>), il est possible de proposer des contenus, de poser des questions aux auteurs, tant sur les contenus que sur la m\u00e9thode du <em>book sprint<\/em>. <a href=\"https:\/\/github.com\/rr-france\/bookrr\">https:\/\/github.com\/rr-france\/bookrr<\/a><\/p>\n<p><strong>&#8212;<\/strong><\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/weburfist.univ-bordeaux.fr\/\"><strong>Site web de l&#8217;Urfist<\/strong><\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Nicolas Rougier (IMN), is one of the author.<\/p>\n","protected":false},"author":108,"featured_media":108013,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-108063","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-news-neurocampus"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/108063","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/108"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=108063"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/108063\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/108013"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=108063"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=108063"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.bordeaux-neurocampus.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=108063"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}